Rondo w obecnym kształcie powstało w 2008 roku. Na początku lat dwutysięcznych ruch tramwajowy szedł po kole, razem z samochodowym. Na środku ronda pozostawała rzadko zadrzewiona przestrzeń, o wiele bardziej zielona niż współcześnie. Do przebudowy przystąpiono w roku 2004. Początkowo miasto wynajęło tureckiego wykonawcę, z którym po roku rozwiązano umowę z powodu błędów i opóźnień w budowie. W lipcu 2006 prace przejęła polska firma Budimex-Dromex. Rondo Mogilskie zmieniono w dwupiętrową konstrukcję, którą znamy dziś. Ruch samochodowy odbywa się nad przystankami tramwajowymi po systemie mostów.
Rondo Mogilskie, jeśli chodzi o układ komunikacji tramwajowej, zostało sprowadzone na poziom -1 z bardzo konkretnego powodu. Na Rondzie mamy wjazd do tunelu krakowskiego szybkiego tramwaju i to determinowało ten układ przeniesienia torów. Tunel został uruchomiony w grudniu 2008 roku, więc chwilę po tym, jak rondo zostało oddane do użytku. Wcześniej ten układ, bo być może nie wszyscy pamiętają, to było rondo w jednym poziomie. Zarówno ruch samochodowy, jak i tramwajowy odbywał się po kole z wylotami w ulicę Lubicz, w ulicę Mogilską i w Powstania Warszawskiego. Natomiast nie było wylotu w stronę tunelu. Zastosowano takie rozwiązania projektowe, przeniesiono ruch tramwajowy na poziom -1, więc siłą rzeczy nie dało się już utrzymać takiego okrężnego ruchu. Dlatego teraz tory tramwajowe po prostu krzyżują się na środku - mówi Krzysztof Wojdowski z Zarządu Dróg Miasta Krakowa.
Jednak nie wszyscy zgadzają się z tym rozwiązaniem. W 2008 roku miasto przeprowadziło konkurs studialny, który miał pomóc w opracowaniu projektu Ronda Mogilskiego. Zaangażowani w to przedsięwzięcie eksperci z Politechniki Krakowskiej interpretują ostateczną formę węzła jako zepchnięcie transportu publicznego na dalszy plan.
Błędem pierworodnym jest to, że około 2005 roku, kiedy startowała przebudowa Ronda Mogilskiego priorytet został położony na rozwiązania komunikacyjne polegające na domknięciu drugiej obwodnicy Krakowa, czyli zbudowaniu po wschodniej stronie miasta alternatywy dla alei Trzech Wieszczów. Pominięto inne aspekty, które należało wziąć pod uwagę. Samo rondo zostało tak rozwiązane, jakby wyłącznie przemieszczanie się samochodem na osi północ-południe było najważniejsze. Na Rondzie Mogilskim skupia się wiele potoków ruchu z różnych kierunków, tak samo skupia się wiele problemów z perspektywy czasu. Problemem, zresztą od początku było wiadomo, że tak będzie, są przesiadki pasażerów komunikacji publicznej. Problemem jest na pewno właściwie brak funkcji. To znaczy mimo ogromu powierzchni, które zajmuje rondo, nie tylko sama "patelnia" na dole, ale cały obszar. To jest obszar podobny wielkością do Rynku Głównego. To jest mniej więcej 200 na 200 m, a więc no ogromny obszar. Właściwie nie ma tam żadnej funkcji. Nie ma tam nawet jakiejś małej gastronomii. Nic przy okazji tych przesiadek, nic przy okazji przemieszczania się po mieście nie możemy załatwić - mówi dr Bartłomiej Homiński
Krajobraz węzła miały ubarwić pozostałości fortu Lubicz, które ujrzały światło dzienne po wyżłobieniu krateru Ronda Mogilskiego. Niestety zabytek przez lata popadał w nieład. Dziś najczęściej jest miejscem nielegalnego spożywania alkoholu czy "zabytkowym śmietnikiem". Ostatnimi z największych bolączek Ronda Mogilskiego są kwestie klimatyczne. Latem betonowy kocioł nagrzewa się, a podróżni nie mają gdzie schronić się przed słońcem. W zeszłym roku ulewne deszcze doprowadziły do zalania węzła komunikacyjnego. Zarząd Dróg Miasta Krakowa podaje, że aktualnie trwają prace nad zaprojektowaniem nowego systemu odwadniania Ronda.
Przez te 20 lat odkąd uruchomiono rondo Mogilskie trochę nam się klimat zmienił. Wcześniej nie mieliśmy do czynienia z takimi sytuacjami. Mówimy tutaj o bardzo niestandardowych nawalnych deszczach. To była gigantyczna ulewa, spadła norma z miesiąca w przeciągu kilku godzin. Kiedy 20 czy nawet 25 lat temu rozpoczęto projektowanie Ronda Mogilskiego, mieliśmy zupełnie inne normy, jeśli chodzi o warunki prawne do instalacji odwodnieniowych - mówi Wojdowski.
Odpowiedzią na bolączki mieszkańców ma być projekt Ogrodniczki Miejskiej. Zielone Mogilskie ma zapewnić cień latem i wprowadzić punkty usługowe. Niedawno udostępniono pierwsze wizualizacje, na których oprócz zieleni znalazły się kawiarnie i miejsca wypoczynku. Projekt wstępnie wyceniono na 7 milionów złotych, jednak koszty mogą wzrosnąć nawet do 10 milionów.
Pamiętam przed przebudową Ronda jaki to był piękny duży teren zielony. Tak powinno wyglądać i teraz. Wydaje mi się, że środki, które są zaproponowane w tej chwili przez Miejską Ogrodniczkę nie są wystarczające. Tam pracy jest bardzo dużo. Na dzień dzisiejszy trudno jest ocenić ile takie zmiany będą kosztować. Według mnie ta druga kwota przypuszczalna, 10 milionów złotych, jest kwotą wystarczającą. Z tym, że jak wiemy, koszty rosną z roku na rok. 10 milionów to jest bardzo dużo środków finansowych. Na dzień dzisiejszy tego zapewne nie możemy oszacować. To wyjdzie z dyskusji na Komisji Infrastruktury. Jest to pilna sprawa do zrobienia. Oczywiście, jeżeli będzie teren zazieleniony i nie będzie płyty betonowej, a będziemy mieli przykładowo rośliny, trawę, to oczywiście, że opady deszczu, które tam spadną i będą spływać z góry, mogą być wchłonięte przez ziemię - mówi Edward Porębski, radny miasta z ramienia Prawa i Sprawiedliwości.
W planie Ogrodniczki Miejskiej jest również odrestaurowanie ruin fortu Lubicz i nadanie im właściwej muzealno-edukacyjnej funkcji. Radni przewidują, że realizacja takiego przedsięwzięcia zajmie co najmniej kilka lat. Pozostaje nam zaczekać i liczyć, że Rondo Mogilskie stanie się bardziej dla ludzi.